El rey de Babilonia era en aquel momento Nabonido, que había pasado buena parte de su reinado en el oasis árabe de Tema, pero había regresado a Babilonia probablemente a raíz de la amenaza de Ciro. Las campañas contra Babilonia parecen haber comenzado a finales de la década de 540 a. C. El primer hecho preciso del que se tiene noticia es la victoria de Ciro sobre los babilonios en la batalla de Opis, en el otoño de 539 a. C. Sippar se rindió, y Gobrias, gobernador persa de Gutium, entró sin batalla en Babilonia el 12 de octubre del 539 a.c., llegando Ciro varios días más tarde. Darío fue designado como gobernador de Babilonia, y se nombraron subgobernadores en las provincias menores.
Para la conquista de Babilonia, Ciro tuvo el sustancial apoyo del sacerdocio babilonio, que estaba enfrentado con Nabónido a causa de sus reformas religiosas. A su vez, la llegada de Ciro es celebrada por la comunidad judía de Babilonia
Darío I el Grande, "aquel que apoya firmemente el Bien", en persa (549-486 a. c.) fue el tercer rey de la dinastía aquemenida de Persia desde el año 521 al 486 a. c. Darío heredó el Imperio persa en su cénit, que entonces incluía Egipto, el norte del subcontinente indio y partes de Grecia. El declive y la subsecuente caída del Imperio persa comenzaron con su muerte y la coronación de su hijo, Jerjes.
Darío ascendió al trono tras asesinar al usurpador Esmerdis, con la ayuda de otras seis familias aristocráticas persas, siendo coronado a la mañana siguiente. El nuevo emperador hubo de hacer frente a numerosas revueltas a lo largo de su reinado, sofocándolas cada vez. Dirigió asimismo una expedición punitiva contra Atenas y Esparta por la ayuda brindada por éstas a los griegos de Asia Menor durante la revuelta jónica. Darío amplió las fronteras de su imperio conquistando Tracia y Macedonia, e invadiendo las tierras de los saces, una tribu escita que había luchado con los medos y responsables de la muerte de Ciro II el Grande.
Darío reformó el imperio, dividiéndolo en provincias y asignando su gestión a la figura de un gobernador. Implantó un nuevo y unificado sistema monetario, asignó un nuevo código de leyes a Egipto e hizo del arameo el idioma oficial del imperio. También impulsó proyectos de construcción a lo largo del imperio, principalmente en Susa, Pasargadas, Persopolis, Babilonia y Egipto. Entre sus hitos destaca asimismo la inscripción de Behistun, una autobiografía de gran valor para la lingüística moderna.
Jerjes fue designado como sucesor de Darío I por delante de todos sus hermanastros, mayores que él, y que nacieron antes de que Darío ascendiera al trono. Tras ser coronado en octubre de 485 a.c., Jerjes se enfrentó victoriosamente a una rebelión en el Egipto sometido, iniciada en 486 a.c., dejando a su hermano Aquemenes como sátrapa de esta provincia, sobre la cual ejerció un control muy represivo.
Los predecesores de Jerjes, especialmente su padre, no fueron muy afortunados en sus intentos de conciliar las antiguas civilizaciones sometidas con el gobierno Persa .Esta fue probablemente la razón por la cual Jerjes decidiera abolir definitivamente el reino de Babilonia en 484 a.c. y llevarse la estatua dorada de Bel (Marduk o Merodach, cuyas manos debía agarrar el legítimo rey de Babilonia el primer día de cada año), matando a los sacerdotes que trataron de impedírselo. Por lo tanto, Jerjes no aparece usando el título de Rey de Babilonia en los textos babilónicos que datan de su reinado, pero sí el de Rey de Persia y Media, o simplemente Rey de naciones (equivalente a Rey del mundo). Este proceder desencadenó dos rebeliones, en 484 a.c. y en 479 a.c., que fueron sofocadas enérgicamente.
La batalla de Atenas, que Jerjes dirigió personalmente, es a menudo erróneamente interpretada como un enfrentamiento entre griegos y persas, cuando en verdad la intención de Jerjes era castigar a los atenienses por el pillaje y la destrucción causados por sus fuerzas en las ciudades jonias de Asia Menor, que estaban bajo el control persa. Es de destacar que para esta empresa contó con la ayuda de otras ciudades griegas, y aun de Macedonia. Jerjes tomó Atenas, y después de un breve periodo de ocupación, la abandonó, debido a que su interés no estaba en la conquista de la misma sino en castigar a aquellos que habían llevado la guerra contra otras ciudades griegas en el Asia Menor.
El hecho histórico a resaltar, por tanto, es que Jerjes no combatió contra todos los griegos, ni contra Grecia entendida como país (ya que el país de Grecia era inexistente; sólo existían las polis), sino contra una alianza de ciudades griegas, contra la cual consiguió la ayuda de otras ciudades griegas de la propia Hélade, aliadas con el imperio persa, o de aquellas ciudades griegas de Asia Menor que sufrieron el ataque de los atenienses en la revuelta jonia, y que ayudaron a Jerjes de buen grado .
De los últimos años del reinado de Jerjes poco se sabe. Se conoce que envió a sátrapas a intentar la circunnavegación de África, pero la victoria de los griegos en la Segunda Guerra Médica supuso la paulatina inmersión del Imperio persa en un estado de apatía, de la cual no volvería a despertar. El mismo rey se vio involucrado en varias intrigas palaciegas, dependiendo en exceso de sus cortesanos y eunucos.
Cabe mencionar que los persas, se caracterizaban por tomar todas las cosas de los lugares que conquistaban y estos era mejorado, para luego dejarlos como ellos querían y así teniendo mejores proyectos.